Zumindest haben sich auch die Teilnehmer der Großen französischen Expedition mit ihr befasst, da sie in den Karten der Description de L'Egypte aufgenommen wurde, dort als "catacombes" bezeichnet.
Der Schweizer Johann Ludwig Burckhardt (geb. 25.11.1784 in Lausanne, gest. 15.10.1817 in Kairo) erwähnt sie in dem 1813 erschienenen Reisejournal "Travels in Nubia".
Im Jahre 1885 stellte der britische Konsularbeamte in Assuan, Mustafa Shakir, fest, dass mit Reisenden und Touristen ein schwunghafter Handel mit altägyptischen Artefakten getrieben wurde. Seine Nachforschungen ergaben, dass diese zumeist vom Qubbet el-Hawa stammen sollten. Er versuchte, diesen Handel zu unterbinden und begann mit einer kleinen Anzahl an Arbeitern mit Arbeiten in der Nekropole für das Museum von Bulak. Dabei begann er, eine sichtbare und große Grabanlage freizuräumen und fand eine große Anzahl an zerstörten Särgen. In diesem Jahr war der kommandierende britische Offizier im Assuan General (später Sir) Francis W. Greenfell, nicht nur Militär, sondern auch studierter Archäologe der Ägyptologie. Er begutachtete die Arbeiten und die Funde und war überzeugt, dass es sehr wichtig wäre, die Arbeiten fortzusetzen. In Übereinstimmung mit dem Museum von Bulak übernahm er die Fortführung der Arbeiten (1885 und 1886), die wohl die erste wissenschaftliche Ausgrabung am Qubbet el-Hawa wurden. Auf seinen Wunsch schickte ihm das British Museum E.A.Wallis Budge zur Aufnahme der Inschriften, der dann am 12.12.1885 seine Arbeit dort aufnahm und die Grabung in PSBA 9, 1887, 78-82 und PSBA 10, 1887/8 4-40 zusammenfasste und veröffentlichte. Greenfell begann, die Nekropole zu systematisieren und führte eine Nummerierung ein, ein System, auf dem noch die heutige Kennzeichnung beruht. Seine Arbeit wurde durch ab 1887 durch Colonel Holled Smith in Zusammenarbeit mit Sir Wallis Budge fortgesetzt. Die Ausgrabung wurde von ägyptischen Soldaten unter der Leitung von Major G.T.Plunkett mit 2 oder 3 Korporalen der 11. Königlichen Ingenieur-Kompanie ausgeführt. Nach Abkommandierung Plunketts übernahm Major Hare das Kommando. Die 11. Königliche Ingenieurs-Kompanie, die Budge nach Weggang von Greenfell unterstützte, stand unter Befehl von General de Montmorency und war im Winter 1886 - 1887 direkt in Assuan stationiert.
Jaques de Morgan führte ebenfalls umfangreiche Arbeiten durch. Er war der erste, der die Ergebnisse und vor allem die Inschriften, umfangreich publizierte, ein Werk, welches noch heute zur Standardliteratur des Qubbet el-Hawa zählt. Er begann auch, Gräber der zweiten Ebene freizulegen. Dabei führte er eine neue Nummerierung für die von ihm erforschten Gräber ein, die sich allerdings nicht durchsetzen konnte und - wie wir heute wissen - auch nicht ganz fehlerfrei war (siehe dazu Edel). Etwas unübersichtlich ist dabei die Art der Nummerierung, da ein Grab in seinem Plan eine andere Nummer erhielt wie in der Beschreibung, sodaß die Nummer 15 (Harchuf) im Plan die Nummer A8 in der Beschreibung erhielt, wobei der Kennbuchstabe A auf die obere, der Kennbuchstabe B auf die untere Ebene verweist. Die Ergebnisse wurden veröffentlicht in Catalogue des Monuments et Inscriptions de L' Egypte Antique 1894.
Im Jahr 1892 nahm der Italiener Ernesto Schiaparelli die Ausgrabungen auf, der 1892 dann auch das Grab 34n vor Chuef-Hor /Harchuf freilegte. Dieses Grab publizierte er in den Mem. della R.Accad. die Lincei 289, 1893, Ser. 4 Bd. X, Teil 1, 22-53.
Ab 1901 fanden umfangreiche Grabungen durch Lady Cecil Amherst in der Nekropole statt. Durch die Bekanntschaft mit Howard Carter, der zu dieser Zeit Oberinspektor der ägyptischen Antikenverwaltung für Oberägypten und Nubien war, hatte sie die Grabungslizenz erhalten. Auch Carter war bei diesen Grabungen zeitweise vor Ort und leitete beispielsweise das Auswickeln von Mumien bei der Suche nach Grabbeigaben. Ebenso Leitete G. Maspero, Chef der Antikenverwaltung (Service d' Antiquités Egyptiennes) und damit Carters Vorgesetzter, einen Teil der Arbeiten (z.B. Öffnung von CT11).
Gardiner fertigte Handkopien der wichtigsten Inschriften, die er u.a. 1909 in einige Publikationen mit ausgiebigen philologischen Kommentaren veröffentlichte (beispielsweise in ZÄS 45 / 1909, 123-140 "Inscriptions from the tomb of Si-renpowet I., prince of Elephantine").
1940 erschien als Ergebnis seiner Arbeit vor Ort von H.W. Müller seine sehr gute Veröffentlichung "Die Felsengräber der Fürsten von Elephantine aus der Zeit des Mittleren Reiches", dass vorrangig kunstgeschichtlich ausgerichtet war und über Gardiner hinaus weitere Inschriften - besonders von QH 36 - in guten Fotos oder Abschriften zugänglich machte.
1946 bis 1951 wurden wieder umfangreichen Ausgrabungen durchgeführt, dieses mal durch L. Habachi. Dabei wurden u.a. QH 35d und QH 35e sowie QH 110 freigelegt.
Seit 1959 (Grabung bis 1983 mit Unterbrechungen, Auswertungen länger) laufen Ausgrabungen durch E. Edel (Bonner Ägyptologisches Seminar), wobei hier das Hauptaugenmerk des Ausgräbers auf den Opfertöpfen lag. Auf ihnen sind häufig in hieratischer Schrift die Namen der dem Toten dargebrachten Früchte und/oder der Stifter und/oder des Toten vermerkt. Dies ist interessant, da dieser Brauch ein System von zeitlichen, familiären und berufsgruppenspezifischen Personenbezügen erarbeiten lässt. Die ersten Grabungen von Edel waren nur als "Reinigung" konzessioniert.
Die Grabungen legten u.a. fast alle von de Morgan beschriebenen Gräber wieder frei und führten bei der systematischen Säuberung der Grabschächte zur Bergung von fast 2000 beschrifteten Gefäßen, in einem Falle (QH 88) sogar zum Fund eines Kamaresgefäßes (Anmerkung 1).
Nachdem eine volle Grabungslizenz erteilt wurde kam die Anthropologie von 1963 bis etwa 1982 als Projektteil dazu, über die es die hervorragende Arbeit von F.W. Rösing gibt. Der dabei erfasste Anteil der Nekropole ist sehr schwer abschätzbar, da noch immer die Untergrenze des Felsengräberfeldes unbekannt ist, die durch Aushub und Flugsand abgedeckt blieb. Eine Schätzung liegt zwischen 50% und 15 %. Diese Arbeit lief parallel mit der Bearbeitung von Skelettresten der Nekropole von Elephantine. Auf der Qubbet el Hawa wurden 730 Skelette in 91 Komplexen untersucht und rekonstruiert, also die Mehrheit der bisher 1180 gefundenen Individuen (Rösing S. 41).
1993 arbeitete Michael R. Jenkins von der University of Tasmania am Grab des Setka (QH 110), publiziert in The Bulletin of the Australian Centre for Egyptology Vol. 11 (2000) pp.67f.
Zeitweise erfolgen noch bei Erfordernissen Notgrabungen, beispielsweise zur Sicherung und Aufnahme von Begräbnisstellen, die mitunter mehr zufällig entdeckt werden (siehe M. el-Din 1992). Diese werden teilweise untersucht, wieder verschlossen und nicht in das Nummerierungssystem integriert, wenn sie etwas ausserhalb der bisher bekannten Grabebenen liegen (mail-Information Dr. Raue).
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